Chương trình Đại hội VFF khóa IX diễn ra như sau:
08h00: Đón tiếp đại biểu
08h30 - 10h30
+ Thông qua Báo cáo thẩm tra tư cách Đại biểu tham dự Đại hội và tuyên bố Đại hội đã được tổ chức theo quy định của Điều lệ VFF.
+ Báo cáo của Ban Kiểm tra về đình chỉ tư cách Tổ chức thành viên.
+ Thông qua Chương trình Đại hội và Quy định tổ chức Đại hội.
+ Thông qua danh sách Chủ tịch đoàn và Ban Thư ký Đại hội.
+ Phát biểu khai mạc Đại hội.
+ Báo cáo tổng kết công tác VFF khóa VIII và phương hướng triển khai nhiệm vụ VFF khóa IX.
+ Khen thưởng các tập thể, cá nhân có thành tích đóng góp xuất sắc cho bóng đá Việt Nam trong nhiệm kỳ VFF khóa VIII.
+ Báo cáo kiểm điểm của Ban Chấp hành VFF khóa VIII.
+ Báo cáo nhiệm vụ trọng tâm và giải pháp của các ĐTQG trong năm 2023.
+ Báo cáo công tác tài chính, tài trợ của VFF khóa VIII; thông qua các dự án do FIFA hỗ trợ và dự toán tài chính khóa IX.
+ Báo cáo tài chính năm 2021 của VFF đã được kiểm toán.
+ Báo cáo sửa đổi, bổ sung Điều lệ VFF
10h45 - 12h30
+ Đại hội thảo luận.
+ Phát biểu chỉ đạo của lãnh đạo Bộ VH-TT&DL/Tổng cục TDTT.
+ Phát biểu của đại diện FIFA/AFC.
13h30 - 15h00
+ Bầu cử các chức danh Chủ tịch, Phó Chủ tịch VFF khóa IX và công bố kết quả.
+ Bầu Ủy viên Ban Chấp hành VFF khóa IX.
15h15 - 16h00
+ Công bố kết quả bầu chức danh Ủy viên Ban Chấp hành VFF khóa IX.
+ Bầu chức danh Trưởng ban Kiểm tra VFF khóa IX và công bố kết quả.
+ Bầu chức danh Ủy viên Ban Kiểm tra VFF khóa IX và công bố kết quả.
16h00 - 17h00
+ Ban Chấp hành và Ban Kiểm tra VFF khóa IX ra mắt Đại hội.
+ Chủ tịch VFF khóa IX thay mặt Ban Chấp hành phát biểu.
+ Bổ nhiệm đơn vị kiểm toán độc lập theo đề xuất của Ban Chấp hành.
+ Biểu quyết thông qua các nội dung.
+ Biểu quyết thông qua Nghị quyết Đại hội VFF khóa IX.
17h00 - 17h30
+ Ban Chấp hành VFF khóa IX họp lần thứ 1.
17h30 - 18h30
+ Họp báo công bố kết quả Đại hội.